Os macroinvertebrados aquáticos são uma comunidade-chave nos sistemas fluviais dado que desempenham um papel fundamental na cadeia alimentar, sendo um importante elo de ligação entre o processamento da matéria orgânica de origem vegetal e a ictiofauna (comunidades de peixes). Convencionalmente este grupo inclui qualquer invertebrado que tenha de comprimento total um mínimo de 0,25 mm. No entanto, a maioria das espécies pode atingir os 2 mm e alguns atingem vários centímetros de comprimento. Os macroinvertebrados bentónicos são organismos aquáticos de hábitos bentónicos, isto é, que habitam o fundo de rios, lagos, estuários e mar, encontrando-se aderidos a pedras, cascalhos e vegetação ou enterrados na lama ou areia, pelo menos durante uma parte do seu ciclo de vida. Assim, normalmente estão intimamente ligados aos fundos ou vegetação aquática e desempenham um papel fundamental nos ecossistemas, atuando como decompositores, consumidores primários e secundários e sendo também presas de níveis tróficos superiores (peixes, aves e anfíbios) nas teias alimentares que integram, permitindo a existência de muitas comunidades animais. Os macroinvertebrados bentónicos são comunidades de organismos composta pelas fases larvares e adulta de insetos aquáticos, anelídeos (minhocas e sanguessugas), moluscos (mexilhões e caracóis de água doce) e crustáceos (lagostins, anfípodes e isópodes), que habitam o fundo e as margens dos rios junto aos sedimentos.

As comunidades de macroinvertebrados são muito utilizados como bioindicadores da qualidade ecológica de ecossistemas lóticos (ribeiras, rios) devido ao facto de apresentarem as seguintes características:

·     Padrões de migração limitados;

·     Distribuição global (são ubíquos);

·     Dimensões relativamente elevadas, facilitando a sua amostragem e identificação;

·     As suas comunidades incluem taxa com diferentes sensibilidades ao stresse ambiental;

·     São a principal fonte de alimentos de diversos seres vivos;

·     Possuem uma diversidade considerável de regimes tróficos;

·     Necessitam de algum tempo para recolonizar um local pelo que os efeitos de uma perturbação podem ser detetados até várias semanas depois.

Existem diversos índices, associados à diversidade de macroinvertebrados, que podem ser calculados na avaliação da qualidade da água de um rio. Neste momento, ainda não determinamos nenhum, pois ainda nos encontramos num processo de aprendizagem relativo às técnicas de amostragem e de análise de macroinvertebrados.